package.xml 1.0 では、内容を記述するタグは <filelist> と呼ばれていました。 このタグの使用目的は package.xml 2.0 で劇的に変化したので、名前を 変更しました。現在では、<filelist> は package.xml の release セクションに存在します。
<contents> は tar ボールの内容を記述するために使用されます。 それ以上のものではありません。実際に PEAR インストーラでインストール されるか否かにかかわらず、この contents タグの中のファイルが すべて tar ボールの中に配置されます。このことにより、非常に多機能な tar ボール (例えば直接アーカイブを展開するだけでも動作するし PEAR インストーラでインストールしても動作するなど) を作成することが 可能となります。
たいていのリリース形式では contents の配下にひとつの <dir> タグが含まれ、その下に複数の dir タグや <file> タグが ネストして配置されます。